佐世保市が昭和39年以来手がけてきた発掘調査の成果が一堂に展示されています。世界最古級（12,000年前）の豆粒文土器や、泉福寺洞窟の模型など、遺跡から出土した遺物と各種の模型やパネルによって原始・古代の佐世保の様子を解説しています。

時代別に展示コーナーを設け、代表的な遺跡の遺物などを系統的に展示しています。展示されている主な遺跡として牟田原遺跡（旧石器時代）、泉福寺洞窟、岩下洞穴、下本山岩陰（縄文時代）、宮ノ本遺跡（弥生時代）、てぼ神古墳（古墳時代）、三島山経塚（平安時代）、井手平城跡（戦国時代）、葭之本窯跡（江戸時代）などがあります。

約12,000年前のもので、世界最古級の土器です。小さな豆粒状の粘土を表面に貼り付けて模様をつけていることから「豆粒文土器」と名付けられました。展示室には破片（実物）と復元されたレプリカを展示しています。